18 июня 1863 г. был принят новый университетский Устав.
Московский университет состоял из факультетов: историко-филологического, физико-математического (с отделениями математических и естественных наук), юридического и медицинского, объединявших 53 кафедры. Должности ректора и деканов стали выборными, расширился круг деятельности Совета университета, ограничена власть попечителя. Вместо должности адъюнкта в качестве помощника профессора вводилась должность доцента, а также учреждался институт приват-доцентуры. Согласно штату в университете полагалось иметь 57 профессоров и 33 доцента.
Устанавливалась плата за слушание лекций с каждого студента в столичных университетах 50 рублей, в провинциальных 40 рублей в год.
(Полное собрание законов Российской империи. II. Т. XXXVIII. №39752;
Отчёт о состоянии и действиях имп. Московского университета за 1864 г. С. 1–5)